Об авиамаршрутах не упоминаю, понятно, что они есть. До Праги ходят прямые поезда из Москвы и какие-то прицепные вагоны из Питера. Но, похоже, с точки зрения денег это не самый дешёвый вариант. Например, "Путеводитель "Афиши". Прага" расписывает цепочку перекладных, которая однозначно дешевле.
Как вариант с некоторыми оговорками, можно попробовать добраться на автобусе, купив описанный автобусный тур. Но неудобства в этом случае, конечно, могут быть существенными, надо выбирать.
Внутри Праги система транспорта организована очень хорошо. Во-первых, наземный (автобусы, трамваи) ходят чётко по расписанию, которое вывешено для каждого маршрута на каждой остановке. Во-вторых, довольно гибкая система оплаты, но подробностей не помню. Стоимость 12 CZK (~18р. на 03.2005). Трамваи не сравнить с российскими – и ходят побыстрее, и менее шумные.
Естественно, про уважение водителями пешеходов даже не расписываю, это уже трюизм.